Magurski Park Narodowy leży w zasięgu dwóch pięter roślinnych : pogórza i regla dolnego.
Piętro pogórza, sięgające do 530 m n. p. m., zajmuje 43 % powierzchni Parku. Zachowały się tu fragmenty naturalnych zbiorowisk leśnych, dominują jednak drzewostany sztuczne z przewagą sosny. Na terenach nieleśnych występują stosunkowo licznie zbiorowiska łąk i pastwisk oraz torfowiska niskie. Piętro regla dolnego, rozciągające się od 530 m po szczyty (57 % powierzchni Parku), występuje w formie wyspowej, obejmując wyższe części wzniesień. Jedynie w masywie Magury Wątkowskiej tworzy ono większy kompleks. W reglu dolnym dominują lasy, głównie bukowe. Mniejszy udział mają jedliny oraz sztuczne drzewostany sosnowe i mieszane.